La segunda entrega de la serie nos permite participar en los acontecimientos tanto de la trilogía original como de su última aventura: Indiana Jones y el Reino de la Calavera de Cristal.

Cuando se trata de la trilogía original, nos quedan misiones adicionales que arrojan nueva luz sobre los eventos que recibieron menos tiempo en pantalla, incluida la famosa persecución por las calles de Shanghai que se ve en la segunda película. Nuestro héroe también ha sido sometido a una serie de cambios, ya que ahora está equipado con un conjunto de nuevas animaciones, así como un látigo más útil que le permite atraer a su oponente y realizar un tiro de lucha libre.

La historia vista en el Reino de la Calavera de Cristal nos permite asumir el control sobre Mutt William y participar en actividades que inducen adrenalina usando su motocicleta característica o ser testigos del poder de la Calavera de Cristal titular.