La historia continúa con los temas de Batman: Arkham Origins. Por lo tanto, los jugadores tienen la oportunidad de experimentar más de las aventuras de Batman antes de convertirse en el Caballero Oscuro. La acción se establece en el título de la prisión de Blackgate, que se encuentra en una isla cerca de la ciudad de Gotham. Batman es llamado allí para sofocar un motín iniciado por los presos.

Batman: Arkham Origins Blackgate – The Deluxe Edition es un juego llamado beat ’em up. El jugador observa los eventos desde una cámara lateral característica, aunque los personajes también pueden moverse en la tercera dimensión de forma limitada.

El juego se centra en tres cosas: exploración, combate (enemigos regulares y jefes especiales) e interacción con personajes encontrados y elementos del entorno. En el juego, el protagonista puede hacer uso de diversos artículos y artilugios (batarang, lanzador de cuerda y otros).