Commandos 3 es otra entrega de la serie de juegos de estrategia táctica ambientada durante la Segunda Guerra Mundial, en la que comandamos un pequeño grupo de comandos especialmente entrenados enviados en misiones de alto riesgo detrás de las líneas enemigas.

A lo largo de 20 misiones, divididas en cuatro campañas de la Segunda Guerra Mundial (Londres: entrenamiento, Normandía, Francia y Alemania, y Stalingrado), el jugador se enfrenta a una variedad de objetivos: desde el tipo de misiones de búsqueda y destrucción conocidas de los juegos anteriores, hasta nuevos, como defender a un general aliado de un asalto aerotransportado, tender una emboscada a un convoy alemán, planificar un asalto a una guarnición alemana junto con la resistencia francesa o capturar un tren lleno de nazis en su camino de Francia a Alemania.

La estructura de la misión se ha revisado y, de hecho, los mapas ahora están divididos en secciones más pequeñas; solo después de completar una, se pasa a otra.