La trama del juego tiene lugar antes de los eventos que se muestran en la primera entrega de la serie y cuenta la historia de dos personajes. El primero es Rebecca Chambers, S.T.A.R.S. (Agente de Tácticas Especiales y Servicios de Rescate) que se dirige a Raccoon City para investigar una serie de misteriosos asesinatos. Después de que su helicóptero se estrella antes de llegar al destino, para sobrevivir, la heroína se ve obligada a unir fuerzas con Billy Coen, ex infante de marina estadounidense condenado a cadena perpetua por matar a 23 personas durante una misión en África.

El juego se basa en principios similares (viajar por lugares, resolver acertijos, luchar contra enemigos) como otras entregas de la serie, pero le permite al jugador controlar dos personajes, entre los cuales puede cambiar en cualquier momento para emplear sus habilidades únicas.